写在前面
以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记
1.TAD
2.TAD分析流程
2.1 Cworld-dekker软件的安装git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
#Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
perl Build.PL
./Build
./Build install --install_base /your/custom/dir
(ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
#e.g.
./Build install --install_base ~/perl5
# then in .bashrc
export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/
互作图谱分染色体matrix数据(单染色的矩阵)，如何获得请看：三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用
matrix数据2.3 为矩阵添加headerheader文件需要自己准备，操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr2 \
--yhf data/headerychr2-I：添加cworld的库，连接到cworld软件所在目录即可 -i：matrix 文件 --xhf：横坐标表头 --yhf：纵坐标表头 自制Header文件，横纵坐标可以相同，和上一次的不同就是，分辨率更小了（10kb），形如：
2.4 TAD边界鉴定
#export PATH=/local_data1/train/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/local_data1/train/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2insulation.pl \
--is 100000 --ids 40000 \
-i example.addedHeaders.matrix.gz-I：cworld-dekker的库 --is：方框的大小，最好是矩阵分辨率的整倍数（如50kb），好计算
--ids：window size of insulationd delta，矩阵分辨率的整倍数（如20kb），好计算
-i：input matrix file，必须是单染色的矩阵，防止划框移动到其他染色体上
结果文件以boundaries结尾2.5 结果整理perl boundaries2bed.pl \
example.addedHeaders--is100000--nt0--ids40000--ss0--immean.insulation.boundaries \
17718942 chr6 > example.tad.bedTAD的范围